使用方法
デモサイトチュートリアル
■データ閲覧
(1)「ランドマークまたは領域」の欄にキーワードを入力します。キーワードは染色体座標、遺伝子名、IDなどによる検索が可能です。ここでは例として「tyrosine kinase receptor」を入力して、「検索」ボタンをクリックします。
(2)該当する結果が複数ある場合は一覧が表示され、その中から希望するものをクリックすることで該当するゲノム領域へと移動します。ここでは「NM_001721」をクリックします。
(3)ブラウザに該当の領域が表示されます。検索結果の遺伝子やSNPsなどのオブジェクトがハイライトで表示されます。
(4)選択したトラックを表示/非表示させる場合、「Select Tracks」を選択します。表示項目中のチェックボックスのOn/Offでトラックの表示/非表示を切り替えられます。ここではマッピングしたリードのデータを含む「1000genomes」トラックを表示します。
(5)ブラウザに戻ると選択した1000genomesトラックが表示されます。詳細ビューで表示する範囲が5kb以上の場合depthのグラフが表示されます。
(6)ゲノム上の領域の移動・拡大・縮小にはスクロール/ズームを使用します。「<<」「<」「>」「>>」ボタンで左右に移動、「＋」「−」ボタンで拡大/縮小ができます。また、「表示xxxbp」リストで詳細ビューに表示する範囲を指定することができます。
(7)「表示１kb」に設定すると各リードのオブジェクトが表示されます。ペアリードの場合、オブジェクトがダンベル表示されます。
(8)「表示100bp」に設定するとリードの塩基配列が表示されます。
(9)リードの詳細を閲覧する場合、リードのオブジェクトをクリックしてバルーンを表示します。Show detailをクリックします。
(10)新しいタブに詳細が表示されます。他のトラックのオブジェクトに対しても同様の操作で詳細を表示することができます。
